دوره آموزشی “شبیه‌سازی دینامیک مولکولی” در دانشگاه تهران

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی ابزاری قدرتمند برای بررسی خواص ماده، پلیمریزاسیون، طراحی داروها، مدل کردن بیومولکول‌ها و بسیاری از کاربردهای دیگر و بررسی چرایی این پدیده‌ها در ابعاد مولکولیست.

در این دوره آموزشی، مهندس الیار تورانی به مدت ۲۴ ساعت در ۶ جلسه،  زیر فصل‌هایی از قبیل

• مفاهیم پایه ای شبیه سازی دینامیک
• مولکولی و آشنایی با مدل سازی اتمی
• • مقدمه ای بر ترمودینامیک آماری، آنسامبل ها و روش های مختلف برقراری
• آنسامبل ها(کنترل دما و کنترل فشار)
• • توابع انرژی پتانسیل، میدان های نیرو برای ذرات و مکانیک مولکولی
• • شرایط مرزی و شرایط اولیه ی سیستم
• • الگوریتم های انتگرال گیری از معادلت حرکت
• • نوشتن برنامه ای ساده با استفاده از پایتون یا متلب برای اجرای شبیه سازی
• دینامیک مولکولی و مشاهده ی مشکلت برنامه نویسی
• • آشنایی اولیه با نرم افزار های مختلف در زمینه ی شبیه سازی دینامیک
• مولکولی (نصب و راه اندازی و شروع کار با مثال های ساده)
• • تعریف سیستم مورد مطالعه برای نرم افزار، چگونگی ورود داده های اولیه به
• نرم افزار و برقراری تعادل در سیستم
• • مفهوم خواص استاتیک و چگونگی به دست آوردن آن ها با نرم افزار
• • مفهوم خواص دینامیک و چگونگی به دست آوردن آن ها با نرم افزار
• • آشنایی با نرم افزار های کمکی برای ورود داده هایی با ساختار های پیچیده به
• و …) و نمایش moltemplate, packmol, msi2lmp, atomsk, VMD) لمپس
• VMD, ovito, gnuplot,) خروجی های لمپس با نرم افزار های مختلف
• (… , MATLAB, python
• نقطه ی ،MSD محاسبه ی ،RDF • بررسی مثال های مختلف(تابع توزیع شعاعی
• برای پلیمر ها، محاسبه ی ضریب نفوذ، پارامتر حللیت، ویسکوزیته، Tg ذوب و
• نمودار تنش-کرنش و محاسبه ی مدول، شبیه سازی غشاها، محاسبه ی
• آنتروپی، انرژی آزاد و …)
• و حل مثال با لمپس Coarse-Graining • آشنایی با مفهوم
•  بررسی و پیاده سازی شبیه سازی های صورت گرفته در مقالت مختلف

این برنامه از ۲۳ آبان، پنج شنبه ها ساعت ۱۳ تا ۱۷ در ساختمان ابوریحان برگزار می‌شود.

علاقمندان می‌توانند برای کسب اطلاعات بیشتر و ثبت نام تنها از طریق لینک http://skillcenter.aut.ac.ir/events/moleculardynamics-fall98pol اقدام کنند.

منبع: ایسنا